為籌組進軍藏有「時間軸之環」，中央大陸里奧德曼首都拉圖曼雅，亞特蘭提斯六大魔法師名號繼承者、普羅維斯頓光明會與蘭格爾花庭教派所組成，對抗艾米安大軍的異能聯盟，決議留下恩利、梅庫西亞、柏菲娜等盟軍剩下人馬駐紮於洛克瓦要塞，其餘人員組成「補充要員」小隊，前往各大陸拯救異能覺醒者，並廣召這些人加入盟軍。
但就在金之魔法師的繼承者多利安．皮特耶華與小隊成員回到珈索笛爾大陸的故鄉土地時，卻遭遇艾米安「七大冕位者」之一，現實幻境的夏利姆伏擊！所幸戰鬥過程中得到始終行蹤未明的最後一位七大魔法師，擁有「荒原魔法師」名號的娜西亞．蘇娜菲懷特的幫助，終於取得代價慘痛的勝利。然而，多利安卻也因目擊母親變成艾米安，進入「狂暴」後昏迷，全身出現因接觸過白濁宇宙的「無念化」後遺症，她與娜西亞也在這場戰鬥結束後失去行蹤，沒有再回到洛克瓦要塞……
這段期間，已先行前往拉圖曼雅，由珈索笛爾光明會分部總長戴伯爾領軍的「先潛小隊」，於首都近郊都市費什勒地下水道，碰上自稱來自「錫瓦羅隱修會」的煉金術師小隊。也在戴伯爾逼問下，得知煉金術師未有加入盟軍意願，與此同時，正在執行一項名為「溝鼠計畫」的行動，活動於附近城市地下空間，以游擊戰方式削弱艾米安大軍的勢力，而該計畫主要目的在於找出「另一座穿越者要塞」。最後在煉金術師不置可否的態度下，戴伯爾決定繼續朝地下深處前進，卻也因此得知了恩利．雷哲祖父過去參與過的「某項活動」，其中該活動中的某位人物，竟然跟後亞特蘭提斯時代、柏拉圖以及煉金術師，有某種程度上的因果關係！
同時間，留守於洛克瓦要塞的恩利與梅庫西亞，在要塞看守者洛克瓦彌亞協助下，進入了前代沐月魔法師查理等「前人們」，於「白濁宇宙」中刻意創造出的獨立空間。在那裡，不只存在查理．蓮納斯、約翰．雷哲，以及前代幾位魔法師的意識，其中他們竟還遇上了某位「不該出現的人物」，並也在該空間中，逐步了解到「人類物種校調白文書」的希望與殘酷面，最後在梅庫西亞建議下，決定於時間流動完全不同的這處空間中進行「生存機率提升」的魔法修練，最終目的在於打倒娜西亞．蘇娜菲懷特？
另一方面，持續被三大賢者封印於黑咎棺木中的魔法師梅林．安布羅修斯，也終於將意識跳脫出白濁宇宙，真正於現實世界中甦醒，只是，卻必須遵循某個「條件」才能維持活動機能。同時，在他甦醒後與修練完成的恩利所要面對的首戰，卻是由其中一名「冕位者」所領導進攻洛克瓦要塞的大軍。
隨著戴伯爾小隊與煉金術師們於地下要塞發現的某個「遺產」，以及恩利解讀的「人類物種校條白皮書」後，他們皆察覺到「賢者之石」與「迪拉克之海穿越者」，藏於歷史背後的重大因果，而那也是娜西亞與梅庫西亞過去到現在，六十年來信念上的衝突。最後，三大賢者的其中一人，也終於決定現身在盟軍面前，想藉此導正歷史被扭轉的時間軸線！
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